锗金属在推动新兴产业发展和方便人类生活的同时， 也随之产生了不少环境问题。锗生产包含上游锗矿开采、中游初级产品加工、下游高端研发等， 其中污染主要来自上游和中游， 所涉及污染物主要是废水 、废气 、 废渣 。锗矿开采主要环境影响是废水、固废和土壤破坏等；锗伴生于其他矿产， 但在实际开采过程中取富弃贫不注重综合利用，造成资源浪费； 另外锗矸石一般富含金属矿物， 露天堆放经雨水冲洗，容易造成水体重金属污染，对云南环境生态造成不可逆转破坏。锗金属精炼大部分采用火法和湿法工艺，过程中酸液、切磨抛和清洗等的过程中会产生多种废水，因含铅锌镉砷氟等有害元素，对地下水产生不利影响；而锗矿石破碎和精制过程产生烟尘、氮氧化物、二氧化硫 、氟化物的烟尘和废气 ，都会造成大气污染， 对居民生活产生不利影响 。
当前锗生产企业对涉及污染物一般会进行脱污处理，但所参照的排放标准是在2000年前后制定颁布，其中部分标准要求已不符合当前环保形势，未来伴随环境保护的逐渐重视, 锗生产行业面临环保收紧,会对我国锗生产造成一定影响 。